Fundusze strukturalne to tak zwane instrumenty finansowe polityki strukturalnej. Polityka ta jest oczywiście realizowana przez samą Unię Europejską. Fundusze działają w celu przebudowy systemowej, a także zmodernizowania gospodarki państwa członkowskiego. Okres programowania od 2000 do 2006 roku posiadał aż cztery strukturalne fundusze.
Są to między innymi: Europejski Fundusz Rozwoju Regionalnego, Europejski Fundusz Społeczny, Europejski Fundusz Orientacji i Gwarancji Rolnej oraz Finansowy Instrument Orientacji Rybołówstwa. Do funduszy strukturalnych obecnie można również zaliczyć Europejski Fundusz Rozwoju Regionalnego oraz Europejski Fundusz Społeczny.
Jeden fundusz, a mianowicie Europejski Fundusz Orientacji i Gwarancji Rolnej parę lat temu. Z powodu luki powołano Europejski Fundusz Rolny działający rzecz Rozwoju Obszarów Wiejskich. Fundusz na na celu stworzenie Wspólnej Polityki Rolnej we wszystkich krajach członkowskich. Później następny fundusz (Finansowy Instrument Orientacji Rybołówstwa) także zaprzestał działania na rzecz UE. Powstał do dzisiaj funkcjonujący Europejski Fundusz Rybacki mający na celu stworzenie Wspólnej polityki rybołówstwa w krajach UE. Instrumentem finansowym o bardzo dużym znaczeniu, działającym z ramach polityki spójności obok funduszy strukturalnych jest tak zwany Fundusz Kohezyjny czyli Fundusz Spójności.
Wszystkie fundusze kierowane są wyłącznie do sektorów gospodarki i regionów, które bez finansowego wsparcia nigdy niebyły by w stanie zrównać się z średnim poziomem ekonomicznym w krajach UE. Fundusze finansowe nie są więc adresowane wyłącznie do organizacji pozarządowych. Organizacje pozarządowe z reguły są projektodawcami szczególnymi w działaniach powiązanych z celami społecznymi.
Fundusze strukturalne mają istotnie wpływać na zwiększenie spójności ekonomicznych i społecznych w krajach UE. Fundusze są więc sporym ułatwianiem dla państw które zaniżają przeciętne wyniki. Dlatego duża ilość funduszy strukturalnych trafia również do Polski. Polska stara się więc możliwie najlepiej dysponować pieniędzmi na rozwój swoich gałęzi gospodarki. Pomagają jej w tym niewątpliwie również i instytucje pozarządowe.